مخطط التصميم وحل سلسلة الببتيد متعددة الببتيد

أنا. ملخص
الببتيدات عبارة عن جزيئات كبيرة خاصة بحيث يكون تسلسلها غير عادي في خصائصها الكيميائية والفيزيائية.يصعب تصنيع بعض الببتيدات، في حين أن البعض الآخر من السهل نسبيًا تصنيعه ولكن يصعب تنقيته.المشكلة العملية هي أن معظم الببتيدات قابلة للذوبان بشكل طفيف في المحاليل المائية، لذلك أثناء عملية التنقية لدينا، يجب إذابة الجزء المقابل من الببتيد الكاره للماء في مذيبات غير مائية، لذلك، من المحتمل أن تكون هذه المذيبات أو المخازن المؤقتة غير متوافقة بشدة مع الاستخدام للإجراءات التجريبية البيولوجية، بحيث يُمنع منعا باتا على الفنيين استخدام الببتيد لأغراضهم الخاصة، وفيما يلي عدة جوانب لتصميم الببتيدات للباحثين.

مخطط التصميم وحل سلسلة الببتيد متعددة الببتيد
ثانيا، الاختيار الصحيح للببتيدات الصعبة الاصطناعية
1. الطول الإجمالي للتسلسلات الخاضعة للتنظيم
من الأسهل الحصول على الببتيدات التي تحتوي على أقل من 15 وحدة بنائية لأن حجم الببتيد يزداد وانخفاض نقاء المنتج الخام.نظرًا لأن الطول الإجمالي لسلسلة الببتيد يزيد عن 20 وحدة بنائية، فإن كمية المنتج الدقيقة هي مصدر قلق رئيسي.في العديد من التجارب، من السهل الحصول على تأثيرات غير متوقعة عن طريق خفض عدد البقايا إلى أقل من 20.
2. تقليل عدد المخلفات الكارهة للماء
الببتيدات ذات الغلبة الكبيرة للبقايا الكارهة للماء، خاصة في المنطقة 7-12 بقايا من الطرف C، عادة ما تسبب صعوبات اصطناعية.يُنظر إلى هذا على أنه مزيج غير مناسب على وجه التحديد لأنه يتم الحصول على ورقة B-fold في التركيب."في مثل هذه الحالات، قد يكون من المفيد تحويل أكثر من اثنين من البقايا الإيجابية والسلبية، أو وضع Gly أو Pro في الببتيد لفتح تركيبة الببتيد."
3. تقليل تنظيم المخلفات "الصعبة".
"هناك عدد من بقايا Cys و Met و Arg و Try التي لا يتم تصنيعها بسهولة بشكل عام."عادةً ما يتم استخدام Ser كبديل غير مؤكسد لـ Cys.
مخطط التصميم وحل سلسلة الببتيد متعددة الببتيد

ثالثا، تحسين الاختيار الصحيح للذوبان في الماء
1. اضبط الطرف N أو C
بالنسبة إلى الببتيدات الحمضية (أي المشحونة سالبًا عند الرقم الهيدروجيني 7)، يوصى بشكل خاص بالأستلة (أسيتيل N-terminus، الطرف C الذي يحافظ دائمًا على مجموعة كربوكسيل حرة) لزيادة الشحنة السالبة.ومع ذلك، بالنسبة للببتيدات الأساسية (أي مشحونة بشكل إيجابي عند الرقم الهيدروجيني 7)، يوصى بشكل خاص بالأمين (مجموعة أمينية حرة عند الطرف N والأمين عند الطرف C) لزيادة الشحنة الموجبة.

2. تقصير أو إطالة التسلسل إلى حد كبير

تحتوي بعض التسلسلات على عدد كبير من الأحماض الأمينية الكارهة للماء، مثل Trp، وPhe، وVal، وIle، وLeu، وMet، وTyr، وAla، وما إلى ذلك. عندما تتجاوز هذه المخلفات الكارهة للماء 50%، عادة لا يكون من السهل إذابتها.قد يكون من المفيد إطالة التسلسل لزيادة الأقطاب الإيجابية والسلبية للببتيد.الخيار الثاني هو تقليل تنظيم حجم سلسلة الببتيد لزيادة الأقطاب الإيجابية والسلبية عن طريق تقليل تنظيم المخلفات الكارهة للماء.كلما كانت الجوانب الإيجابية والسلبية لسلسلة الببتيد أقوى، زادت احتمالية تفاعلها مع الماء.
3. ضعي بقايا قابلة للذوبان في الماء
بالنسبة لبعض سلاسل الببتيد، يمكن أن يؤدي الجمع بين بعض الأحماض الأمينية الإيجابية والسلبية إلى تحسين قابلية الذوبان في الماء.توصي شركتنا بدمج الطرف N أو الطرف C من الببتيدات الحمضية مع Glu-Glu.تم إعطاء النهاية N أو C للببتيد الأساسي ثم Lys-Lys.إذا لم يكن من الممكن وضع المجموعة المشحونة، فيمكن أيضًا وضع Ser-Gly-Ser في الطرف N أو C.ومع ذلك، فإن هذا النهج لا يعمل عندما لا يمكن تغيير جوانب السلسلة الببتيدية.